В 2005 году был сдан в эксплуатацию международный терминал. Следующий этап реконструкции был завершён уже в декабре 2012 года (тогда были проведены работы по объединению существующего терминала внутренних авиалиний с первым международным терминалом). После этого начались работы на площадях действующего тогда терминала ВВЛ. Спустя год пассажирам внутрироссийских рейсов стали доступны обновлённые площади всего терминала А. Объём инвестиций в реконструкцию составил более 1 млрд руб.

В 2014 году в Кольцово была завершена реконструкция терминала внутрироссийских авиалиний аэропорта. В результате чего его площадь увеличилась практически вдвое и сейчас составляет 42,5 тысячи кв. м. Пропускная способность возросла в два с половиной раза, до 1365 чел. в час. Реконструированные помещения терминала ВВЛ отличают необычное дизайнерское решение интерьеров, яркие краски, более удобная схема обслуживания пассажиров перед вылетом, новые точки питания и монобрендовые магазины.