Решение о постройке на селе каменной церкви во имя Спаса Преображения было принято в 1794 году. Возведение здания храма в стиле сибирского барокко завершилось почти через 30 лет — в 1823 году. Новая церковь была поставлена двухэтажной и, как следствие, двухпрестольной. На втором этаже расположился летний храм во имя Спасо-Преображения (освящён в 1845 году). Нижний этаж был оснащён печным отоплением. В стужу и непогоду богослужения проходили там. Его престол в честь Покрова Пресвятой Богородицы был освящён в 1810 году.

В 1937 году храм закрыли. Зданию Спасо-Преображенской церкви отвели роль зерносушилки. В помещении зимнего храма расположилось машинное отделение, работающее на дизельном генераторе. В послевоенное время надобность в зерносушилке отпала и её упразднили. Здание начало пустовать.

В конце 1960-х гг. в помещениях церкви решили создать музей. В 1995 году Нижнесинячихинский музей-заповедник вошёл в Перечень объектов исторического и культурного наследия федерального значения. До сегодняшнего дня в здании Спасо-Преображенского храма находится музей. Однако первый этаж освятили во имя праздника Преображения. Службы в нём ведутся только в дни особых церковных торжеств, таких как Пасха или Рождество.