В апреле 2023 года состоялось открытие гимназии № 99 после капитального ремонта. Работы проходили в рамках муниципальной программы «Модернизация школьных систем образования».

Благодаря ремонтным работам образовательное учреждение увеличило свою мощность с 450 до 665 учеников. Рабочие отремонтировали фасад здания, заменили перекрытия. Внутри гимназии также прошли ремонтные работы, каждый уголок преобразился. В коридорах воссоздали барельефы времён основания. В кабинетах установлена новая мебель и оборудование.

Благодаря капремонту у гимназии появился многофункциональный актовый зал на 115 мест. Создан информационно-библиотечный центр с абонементом, читальной и компьютерной зоной, оборудованный автоматизированной информационной системой.

На территории гимназии смонтирован новый забор.

На все работы было потрачено более 300 млн рублей.