В 2013 году школа № 46 открыла свои двери для учеников после капитального ремонта. Он здесь продолжался почти 8 месяцев, начиная с февраля.

В школе заменили окна, установили пластиковые подоконники, обновили классы и рекреации, спортивный зал. В этом же году школа получила интерактивные учебные комплексы для начальных классов и другое нужное оборудование на 625 000 рублей.

В 2019 году на базе школы № 46 в рамках федерального проекта «Современная школа» национального проекта «Образование» состоялось торжественное открытие Центра образования естественно-научной и технологической направленностей «Точка роста».