История школы началась в 1954 году. Первоначально образование в ней было семилетним. С 1968 года школа стала десятилеткой. 

С 1998 по 2001 год в школе № 46 проводился капитальный ремонт. Сегодня учебное заведение реализует дошкольную подготовку будущих первоклассников в школе развития «Ступеньки», начальное общее образование (1–4-й классы), основное общее образование (5–9-й классы), среднее (полное) общее образование (10–11-й классы).

Деятельность педагогического коллектива школы направлена на обучение и воспитание учащихся, а также на сохранение и укрепление их здоровья. Это достигается путём создания благоприятных условий для умственного, нравственного и физического развития каждого учащегося.

Занятия проходят в 24 учебных классах. Оборудованы специализированные кабинеты физики, химии, биологии, технологии, информатики, имеется современный спортивный зал, библиотека с читальным залом.

Также в школе организована интересная и насыщенная внеурочная деятельность. Ученики принимают участие в спортивных мероприятиях, олимпиадах, конкурсах, интернет-проектах, посещают кружки и спортивные секции. Для учащихся 46-й школы реализуется дополнительная общеобразовательная программа «Лаборатория робототехники». Кроме того, дети выпускают школьную газету «Свободный урок».

Сейчас школу посещают 942 ученика.